We characterized DNA methylation quantitative trait loci (mQTLs) in a large collection (n=166) of human fetal brain samples spanning 56-166 days post-conception, identifying >16,000 fetal brain mQTLs. Fetal brain mQTLs are primarily cis-acting, enriched in regulatory chromatin domains and transcription factor binding sites, and show significant overlap with genetic variants also associated with gene expression in the brain. Using tissue from three distinct regions of the adult brain (prefrontal cortex, striatum and cerebellum) we show that most fetal brain mQTLs are developmentally stable, although a subset is characterized by fetal-specific effects. We show that fetal brain mQTLs are enriched amongst risk loci identified in a recent large-scale genome-wide association study (GWAS) of schizophrenia, a severe psychiatric disorder with a hypothesized neurodevelopmental component. Finally, we demonstrate how mQTLs can be used to refine GWAS loci through the identification of discrete sites of variable fetal brain methylation associated with schizophrenia risk variants.
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abbreviations ns - not significant; nt - not tested; PFC - prefrontal cortex; STR - striatum; CER - cerebellum
| Probe | SNP | Fetal P | Adult PFC P | Adult STR P | Adult CER P | Heterogeneity P | Gene_Annotation | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | cg07900658 | rs10447470 | 2.82E-47 | ns | ns | ns | 7.23E-40 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 2 | cg07900658 | rs11243161 | 4.09E-15 | ns | ns | ns | 4.19E-13 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 3 | cg07900658 | rs11243164 | 7.03E-47 | ns | ns | ns | 6.99E-38 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 4 | cg07900658 | rs11243168 | 7.03E-46 | ns | ns | ns | 2.71E-39 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 5 | cg07900658 | rs11756237 | 4.77E-43 | ns | ns | ns | 1.24E-36 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 6 | cg07900658 | rs12191747 | 1.11E-43 | ns | ns | ns | 1.18E-37 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 7 | cg07900658 | rs12199530 | 1.23E-44 | ns | ns | ns | 1.10E-37 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 8 | cg07900658 | rs12530477 | 7.31E-14 | nt | nt | nt | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 | |
| 9 | cg07900658 | rs1324502 | 4.59E-40 | ns | ns | ns | 2.09E-32 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 10 | cg07900658 | rs2038828 | 1.26E-16 | ns | ns | ns | 2.02E-11 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 11 | cg07900658 | rs2274212 | 4.18E-42 | ns | ns | ns | 1.85E-33 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 12 | cg07900658 | rs2714319 | 5.28E-20 | ns | ns | ns | 2.53E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 13 | cg07900658 | rs2764077 | 4.32E-28 | ns | ns | ns | 2.92E-20 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 14 | cg07900658 | rs2806192 | 3.21E-41 | ns | ns | ns | 1.94E-34 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 15 | cg07900658 | rs6597266 | 6.05E-24 | nt | ns | nt | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 | |
| 16 | cg07900658 | rs6927113 | 3.78E-34 | ns | ns | ns | 5.08E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 17 | cg07900658 | rs7769554 | 1.16E-39 | ns | ns | ns | 2.63E-32 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| SNP Chr | SNP BP | SNP Allele | Probe | Fetal P | Gene Annotation | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 6 | 7389945 | C | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 2 | 6 | 7392115 | A | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 3 | 6 | 7393843 | A | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 4 | 6 | 7394871 | G | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 5 | 6 | 7396887 | A | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 6 | 6 | 7397984 | T | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 7 | 6 | 7398832 | G | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 8 | 6 | 7399450 | G | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 9 | 6 | 7400141 | G | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 10 | 6 | 7401382 | A | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 11 | 6 | 7401602 | G | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 12 | 6 | 7402575 | T | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 13 | 6 | 7406530 | C | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 14 | 6 | 7409551 | A | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 15 | 6 | 7409702 | C | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 16 | 6 | 7414382 | C | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 17 | 6 | 7415851 | C | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 18 | 6 | 7418730 | T | cg07900658 | 6.10E-53 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 19 | 6 | 7394262 | T | cg07900658 | 1.20E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 20 | 6 | 7412368 | T | cg07900658 | 2.28E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 21 | 6 | 7425206 | A | cg07900658 | 2.28E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 22 | 6 | 7425834 | T | cg07900658 | 2.28E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 23 | 6 | 7427178 | C | cg07900658 | 3.79E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 24 | 6 | 7427514 | C | cg07900658 | 3.79E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 25 | 6 | 7427627 | T | cg07900658 | 3.79E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 26 | 6 | 7427899 | T | cg07900658 | 3.79E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 27 | 6 | 7428515 | G | cg07900658 | 3.79E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 28 | 6 | 7428845 | T | cg07900658 | 3.79E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 29 | 6 | 7381396 | T | cg07900658 | 9.65E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 30 | 6 | 7384052 | T | cg07900658 | 9.65E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 31 | 6 | 7385291 | T | cg07900658 | 9.65E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 32 | 6 | 7385794 | T | cg07900658 | 9.65E-50 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 33 | 6 | 7386281 | T | cg07900658 | 1.62E-49 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 34 | 6 | 7419922 | T | cg07900658 | 3.31E-48 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 35 | 6 | 7422755 | T | cg07900658 | 3.31E-48 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 36 | 6 | 7427361 | C | cg07900658 | 3.31E-48 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 37 | 6 | 7428945 | C | cg07900658 | 3.31E-48 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 38 | 6 | 7429759 | A | cg07900658 | 3.31E-48 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 39 | 6 | 7429766 | G | cg07900658 | 3.31E-48 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 40 | 6 | 7426758 | G | cg07900658 | 3.32E-48 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 41 | 6 | 7427210 | A | cg07900658 | 4.60E-48 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 42 | 6 | 7376553 | A | cg07900658 | 1.43E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 43 | 6 | 7426417 | G | cg07900658 | 1.50E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 44 | 6 | 7426991 | G | cg07900658 | 2.42E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 45 | 6 | 7425567 | G | cg07900658 | 2.61E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 46 | 6 | 7434045 | A | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 47 | 6 | 7436742 | G | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 48 | 6 | 7437588 | G | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 49 | 6 | 7437996 | C | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 50 | 6 | 7441238 | C | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 51 | 6 | 7441541 | A | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 52 | 6 | 7441699 | A | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 53 | 6 | 7441721 | A | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 54 | 6 | 7444722 | T | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 55 | 6 | 7446182 | A | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 56 | 6 | 7446559 | G | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 57 | 6 | 7446821 | G | cg07900658 | 2.94E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 58 | 6 | 7427198 | T | cg07900658 | 3.04E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 59 | 6 | 7463759 | T | cg07900658 | 5.14E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 60 | 6 | 7470873 | C | cg07900658 | 5.14E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 61 | 6 | 7399889 | T | cg07900658 | 7.03E-47 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 62 | 6 | 7443105 | T | cg07900658 | 1.17E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 63 | 6 | 7443106 | T | cg07900658 | 1.17E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 64 | 6 | 7443122 | G | cg07900658 | 1.17E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 65 | 6 | 7435888 | C | cg07900658 | 1.73E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 66 | 6 | 7436104 | C | cg07900658 | 1.73E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 67 | 6 | 7436280 | ACAAAAT | cg07900658 | 1.73E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 68 | 6 | 7440159 | TA | cg07900658 | 1.73E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 69 | 6 | 7427132 | C | cg07900658 | 2.67E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 70 | 6 | 7473810 | A | cg07900658 | 3.76E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 71 | 6 | 7442037 | G | cg07900658 | 5.76E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 72 | 6 | 7443219 | T | cg07900658 | 5.76E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 73 | 6 | 7439250 | A | cg07900658 | 7.07E-46 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 74 | 6 | 7442831 | G | cg07900658 | 1.02E-45 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 75 | 6 | 7442856 | A | cg07900658 | 1.02E-45 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 76 | 6 | 7443010 | G | cg07900658 | 2.17E-45 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 77 | 6 | 7443490 | A | cg07900658 | 2.17E-45 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 78 | 6 | 7445549 | GT | cg07900658 | 2.17E-45 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 79 | 6 | 7393452 | T | cg07900658 | 3.16E-45 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 80 | 6 | 7439249 | TAA | cg07900658 | 3.78E-45 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 81 | 6 | 7442707 | T | cg07900658 | 3.78E-45 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 82 | 6 | 7444512 | C | cg07900658 | 8.33E-45 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 83 | 6 | 7434286 | T | cg07900658 | 1.21E-44 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 84 | 6 | 7434602 | C | cg07900658 | 1.21E-44 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 85 | 6 | 7436445 | A | cg07900658 | 1.21E-44 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 86 | 6 | 7436703 | C | cg07900658 | 1.21E-44 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 87 | 6 | 7437357 | C | cg07900658 | 1.21E-44 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 88 | 6 | 7437869 | G | cg07900658 | 1.21E-44 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 89 | 6 | 7438041 | C | cg07900658 | 1.21E-44 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 90 | 6 | 7438140 | CCT | cg07900658 | 1.21E-44 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 91 | 6 | 7438187 | C | cg07900658 | 1.21E-44 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 92 | 6 | 7438202 | T | cg07900658 | 1.21E-44 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
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| 324 | 6 | 7385659 | A | cg07900658 | 4.64E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 325 | 6 | 7388128 | A | cg07900658 | 4.64E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 326 | 6 | 7388469 | T | cg07900658 | 4.64E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 327 | 6 | 7388601 | G | cg07900658 | 4.64E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 328 | 6 | 7355068 | C | cg07900658 | 6.15E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 329 | 6 | 7358780 | T | cg07900658 | 6.15E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 330 | 6 | 7361137 | A | cg07900658 | 6.15E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 331 | 6 | 7366956 | T | cg07900658 | 6.20E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 332 | 6 | 7387236 | A | cg07900658 | 6.72E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 333 | 6 | 7378441 | A | cg07900658 | 7.13E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 334 | 6 | 7382985 | T | cg07900658 | 7.65E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 335 | 6 | 7383026 | C | cg07900658 | 7.65E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 336 | 6 | 7383318 | G | cg07900658 | 7.65E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 337 | 6 | 7401922 | C | cg07900658 | 7.74E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 338 | 6 | 7349903 | C | cg07900658 | 8.68E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 339 | 6 | 7448024 | CA | cg07900658 | 9.34E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 340 | 6 | 7369610 | TC | cg07900658 | 9.61E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 341 | 6 | 7370867 | G | cg07900658 | 9.61E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 342 | 6 | 7371316 | T | cg07900658 | 9.61E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 343 | 6 | 7372913 | A | cg07900658 | 9.61E-25 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
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| 346 | 6 | 7385891 | A | cg07900658 | 1.07E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
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| 348 | 6 | 7397125 | GGTGT | cg07900658 | 1.19E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 349 | 6 | 7351763 | AAAAATAAAAT | cg07900658 | 1.22E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 350 | 6 | 7336748 | C | cg07900658 | 1.42E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 351 | 6 | 7345456 | T | cg07900658 | 1.67E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 352 | 6 | 7429648 | T | cg07900658 | 2.38E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 353 | 6 | 7387433 | TA | cg07900658 | 3.53E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 354 | 6 | 7390077 | T | cg07900658 | 6.05E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 355 | 6 | 7488116 | T | cg07900658 | 6.84E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 356 | 6 | 7348929 | G | cg07900658 | 7.87E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 357 | 6 | 7350177 | A | cg07900658 | 7.87E-24 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 358 | 6 | 7485528 | G | cg07900658 | 1.30E-23 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 359 | 6 | 7369243 | A | cg07900658 | 1.31E-23 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 360 | 6 | 7478410 | A | cg07900658 | 1.90E-23 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 361 | 6 | 7479489 | C | cg07900658 | 7.06E-23 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 362 | 6 | 7478180 | G | cg07900658 | 1.53E-22 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 363 | 6 | 7479705 | A | cg07900658 | 1.53E-22 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 364 | 6 | 7479706 | C | cg07900658 | 1.53E-22 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 365 | 6 | 7478412 | A | cg07900658 | 2.05E-21 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 366 | 6 | 7452515 | C | cg07900658 | 2.98E-21 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 367 | 6 | 7344707 | G | cg07900658 | 1.24E-20 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 368 | 6 | 7332074 | C | cg07900658 | 1.26E-20 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 369 | 6 | 7344164 | G | cg07900658 | 1.24E-19 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 370 | 6 | 7331819 | C | cg07900658 | 2.12E-19 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 371 | 6 | 7333834 | GT | cg07900658 | 2.66E-19 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 372 | 6 | 7472657 | GT | cg07900658 | 2.64E-18 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 373 | 6 | 7343781 | C | cg07900658 | 5.74E-18 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 374 | 6 | 7336518 | G | cg07900658 | 1.26E-16 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 375 | 6 | 7345106 | G | cg07900658 | 2.36E-16 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 376 | 6 | 7345273 | A | cg07900658 | 2.36E-16 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 377 | 6 | 7345294 | C | cg07900658 | 2.36E-16 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 378 | 6 | 7333946 | G | cg07900658 | 2.54E-16 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 379 | 6 | 7333827 | A | cg07900658 | 2.98E-16 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 380 | 6 | 7333910 | TG | cg07900658 | 2.98E-16 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 381 | 6 | 7361168 | T | cg07900658 | 1.22E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 382 | 6 | 7361392 | G | cg07900658 | 1.22E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 383 | 6 | 7344421 | A | cg07900658 | 1.38E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 384 | 6 | 7341836 | T | cg07900658 | 1.42E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 385 | 6 | 7380267 | G | cg07900658 | 4.09E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 386 | 6 | 7478414 | A | cg07900658 | 5.82E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 387 | 6 | 7385542 | CT | cg07900658 | 6.03E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 388 | 6 | 7383930 | C | cg07900658 | 8.18E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 389 | 6 | 7388598 | C | cg07900658 | 8.18E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 390 | 6 | 7394023 | T | cg07900658 | 8.18E-15 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 391 | 6 | 7480793 | ATT | cg07900658 | 1.02E-14 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 392 | 6 | 7374769 | CT | cg07900658 | 4.37E-14 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 393 | 6 | 7411831 | G | cg07900658 | 1.04E-13 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 394 | 6 | 7422325 | A | cg07900658 | 1.04E-13 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 395 | 6 | 7429808 | CA | cg07900658 | 2.52E-13 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 396 | 6 | 7372701 | CAA | cg07900658 | 3.20E-13 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 397 | 6 | 7444652 | C | cg07900658 | 3.36E-13 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
| 398 | 6 | 7444655 | C | cg07900658 | 3.36E-13 | CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;CAGE1;RIOK1 |
Enter an Illumina 450K probe name to get the Bonferroni significant mQTLs for it
Example:
Enter a rsID to get the Bonferroni significant mQTLs for it:
Example:
Enter a chr:pos to get the imputed Bonferroni significant mQTLs for it:
Enter an Illumina 450K probe name to plot the Bonferroni significant mQTLs for it
Example:
Enter a rsID to plot the Bonferroni significant mQTLs for it:
Example:
Enter genomic region in format chr:start-end
Example: